Влиза в полезрението на полицията след средата на 90-те години. Той има чисто досие и не е арестуван. Въпреки това, по оперативна информация е смятан за един от най-големите контрабандисти от средата на 90-те до началото на 2000 г. Според източници от НСБОП обаче през 2001-2003 г. бизнесът на Тодоров е само легален.
Основните фирми, с които Тодоров работи, са "Амигос" и "Източни финанси" ООД. Според стара секретна справка в НСС, цитирана във в. "24 часа" (брой от 21 април 2003 г.), "Амигос" започва работа през 1992 г. с внос и износ на акцизни стоки по т.нар система "вдигната бариера" - без да се плащат мита и такси. Лице на дейността било "Амигос 3" ООД (съдружници в него са Петър Петров - с 50 на сто, Димитър Мирянов и неговият брат Дойчин Мирянов - с по 25 на сто). Под шапката на "Амигос 3" са регистрирани още 6 търговски фирми в София, Пловдив и Силистра. Според "Апис регистър" Иван Тодоров има 9 на сто в "Източни финанси" ООД. По толкова имат и Асен Паскалев, Димитър Мирянов, Дойчин Мирянов, Петър Петров и Борислав Виденов. Останалите 46 на сто се държат от брокерска къща "Амигос 3". В "Скузи - 2 Тодоров и С-ИЕ" Иван Тодоров, Моника Манолова и Вилиана Петрова държат по 33 процента.
ДЕЛА
На 15 август 2003 г. Иван Тодоров - Доктора се явява в следствието в Хасково, за да даде обяснение по следствено дело за грабеж, извършен на 1 срещу 2 април 1994 г. Според обвинението Доктора, заедно с Тодор Дишлиев, са отвлекли свиленградския бизнесмен Милослав Кръстев и тримата му охранители и след като са го заплашили с оръжие са му откраднали луксозна кола, бижута и пари на обща стойност 8 млн. стари лева. Според материалите по делото към 2 април 1994 г. Иван Тодоров е живеел със съпругата си в хотел "Москва" в Хасково и се занимавал с производство и търговия на алуминиева дограма, какъвто бил и бизнесът и на Милослав Кръстев.
На 16 ноември 2003 г. задграничният паспорт на Иван Тодоров - Доктора му е отнет на ГКПП- Златарево, при влизане в страната. На 20 - 21 ноември 2003 г.в Хасковския окръжен съд по същите обвинения се гледа наказателно дело от общ характер срещу Иван Тодоров - Доктора и Тодор Дишлиев.
На 22 април 2004 г. Хасковски окръжен съд осъжда Иван Тодоров- Доктора на 5 години затвор. Основен свидетел по делото е Милослав Кръстев. На 8 февруари 2005 г. тричленен състав на Апелативния съд в Пловдив потвърждава присъдата, като Тодоров е признат за виновен от Хасковския окръжен съд за отнемане на чужди движими вещи на обща стойност 3 803 502 неденоминирани лева. Със същата присъда Тодоров е признат за виновен за това, че е отвлякъл и лишил от свобода за около 20 часа 4 лица, като деянието е извършено по мъчителен и опасен за здравето им начин.
На 26 юли 2004 г. Иван Тодоров- Доктора е оправдан по дело за клевета от 13 юли 2004 г. за нанасяне на неимуществени вреди, заведено от Милослав Кръстев, който твърди, че през април 2004 г. Тодоров го нарекъл "отчаян наркоман" пред журналисти и определението било тиражирано от медиите, което му нанесло неимуществени вреди.
На 11 февруари 2005 г. софийският градски прокурор Бойко Найденов съобщава, че Софийската градска прокуратура ще повдигне ново обвинение срещу Тодоров за организиране на контрабанда на цигари и за последващо пране на пари за близо 50 милиона лева. По този случай обвинение е било повдигнато и срещу Петър Петров /Пепи Амигоса/. На 17 февруари 2005 г. Националната следствена служба повдига обвинение срещу Иван Тодоров - Доктора и той е задържан е за 72 часа в Националната следствена служба.
На 21 февруари 2005 г. Софийски градски съд налага мярка за неотклонение "Задържане под стража" срещу него. Същия ден прокуратурата повдига обвинение срещу него за пране на пари, но не и за контрабанда, каквато е първоначалната информация. На 1 март 2005 г. с решение на Софийски апелативен съд е освободен от ареста и е променена наложената му мярка "задържане под стража" в по-лека - "парична гаранция" в размер на 15 000 лева. На 15 юли 2005 г. Софийска градска прокуратура внася в Софийския градски съд обвинителен акт срещу Иван Тодоров - Доктора, Петър Петров-Амигоса, Дойчин Мирянов, брат му Димитър Мирянов и Цвета Манавска.
Срещу петимата е повдигнато обвинение по чл. 253 ал. 4 от Наказателния кодекс за "пране на пари", придобити чрез контрабанда в размер на 98 670 558 лева и по чл. 321, ал. 3 от НК за участие в организирана престъпна група, сформирана, за да извършва преводи в чужбина с документи с невярно съдържание. Според обвинението петимата в периода 1997-2002 година са извършили финансови сделки и операции с пари, за които са знаели или предполагали, че са придобити от престъпна дейност. На 19 октомври 2005 г. Софийски градски съд отхвърля искането на защитата на Петър Петров - Амигоса делото за финансови измами срещу него и още 4 лица да бъде върнато на прокуратурата. Делото е отложено за 1 февруари 2006 г. поради неявяване на Иван Тодоров - Доктора. На 1 февруари Софийския градски съд отлага за пореден път делото за 13 март 2006 г. срещу Иван Тодоров- Доктора и Петър Петров - Амигоса, обвинени за пране на пари в големи размери. Делото е отложено, тъй като Дойчин Мирянов е бил приет в института Пирогов, за да му бъдат направени медицински изследвания.
ИНЦИДЕНТЪТ С ИВАН ТОДОРОВ - ДОКТОРА ПРЕЗ АПРИЛ 2003 Г.
На 18 април 2003 г. на булевард "Цариградско шосе" в участъка преди спирка "Ропотамо", непосредствено до тунела, който води към телевизионната кула, се взриви в движение "Мерцедес" с регистрационен номер С 8887 MP, собственост Иван Тодоров -Доктора. Колата продължи да се движи по шосето. След удар в бордюра спря пред Полиграфическия комбинат и се запали.
При инцидента на място загина пътуващият в колата Йордан Спасков, а Иван Тодоров, който шофираше автомобила, бе настанен в института "Пирогов" без опасност за живота.
Името на Иван Тодоров по това време се откриваше в регистрите като съдружник на "Източни финанси" ООД - София, където той държи 9 на сто от капитала, а 46 на сто са на "Амигос 3". Същия ден служители на НСБОП затвориха офиса на "Амигос" на ул. "Кракра" 24.
ЯХТЕНИЯТ СКАНДАЛ
Според материали в пресата след взрива е бил извършен неправомерен обиск на взривената кола от високопоставен офицер от МВР, който претърсил незаконно багажника и намиращата се вътре чанта. Огледът е бил извършен без присъствието на дежурния следовател, експертите и оперативните от следствената група. При последвалия вече официален оглед на чантата никой от присъстващите полицаи не видял снимки на хора на яхта.
По-късно става известно, че в чантата е имало фотоси на Иван Тодоров - Доктора в компанията на министрите Милен Велчев и Пламен Петров, депутата Мирослав Севлиевски на яхта край Монако. Срещата е била организирана от бизнесмена емигрант Спас Русев. Избухна т.нар. "яхтен скандал".
На 20 април в интервю главният секретар на МВР ген. Бойко Борисов съобщи, че службите и полицията подготвят доклад (по повод взрива на Иван Тодоров-Доктора) за организираната престъпност, в който фигурират снимки на действащи и недействащи политици, магистрати и полицаи с фигури от подземния свят, както и стенограми от техни разговори. На 6 август министърът на финансите Милен Велчев подаде оставка като един от мотивите за нея бе "бездействието на МВР по разкриването на виновника за злепоставянето на името му чрез разпространяване на невярна информация за мними нерегламентирани контакти с лица със съмнителна репутация". Велчев оттегли оставката си на 20 август.
До октомври нямаше нищо изяснено по скандала - министърът не е знаел кой е Иван Тодоров-Доктора и не е знаел, че го снимат.
МИШЕНА НА ПОДГОТВЯН АТЕНТАТ
На 30 октомври 2005 г. прокуратурата повдига обвинение срещу Красимир Маринов-Маргина и брат му Николай за участие в организирана престъпна група, която подготвяла убийства на обществено известни фигури, като за мишени на поръчковите убийства са смятани бившият вътрешен министър Любен Гоцев, Иван Тодоров - Доктора и Никола Дамянов от групировката ТИМ, председател на Надзорния съвет на Централната кооперативна банка./
